Les parcs nationaux, domaines de chasse et réserves de faune y compris les autres aires protégées apparentées présentent une diversité d’écosystèmes qui sont :

• l’habitat côtier avec les mangroves ;
• les forêts de basse altitude ;
• les forêts de montagne ;
• les savanes du plateau de l’Uélé ;
• les savanes de hauts plateaux du Katanga entrecoupées de forêts à Miombo ;
• les neiges éternelles du Mont Ruwenzori ; et
• les écotones variés.

Cette diversité d’habitats et d’écosystèmes confère la variété génétique des ressources vivantes qui est à la base de la diversité biologique et qui justifie la création des aires protégées pour leur conservation. Ces habitats sont regroupés en deux types principaux, à savoir : les écosystèmes terrestres et les écosystèmes aquatiques et ont une large distribution à travers tous les sites. Ils représentent globalement les divers milieux biophysiques et biologiques qui constituent le scandale géologique, pédologique et écologique du patrimoine naturel couvrant les étendues de la République Démocratique du Congo. Ce sont des témoins de l’évolution naturelle et de l’emprise des pressions anthropiques.

Il existe des nombreux écosystèmes aquatiques dans les aires protégées. Ceux-ci sont composés de rivières, ruisseaux, lacs, étangs, marécages. Ces écosystèmes sont considérablement riches en toutes formes de vie. Un réseau hydrographique et des plans d’eau abondants permettent de disposer de grandes réserves de ressources en eau.